این کلیسا در جنوب خیابان نظر غربی و در محله هاکوپجان (یعقوب جان) قرار گرفته و در سال 1614م بنا شده. پلان کلیسای استپانوس مقدس، که بزرگ­ترین کلیسای اصفهان است، با ابعاد 2774 متر به سبک بازیلیک ستون ­دار در جهت شرقی-غربی قرار گرفته. گنبد کلیسا، که دارای هشت نورگیر است، به وسیله قوس­ هایی به چهار ستون بنا و دیوارهای جانبی تکیه دارد و دو گنبد کوچک قوسی شکل نیز در دو طرف گنبد اصلی قرار گرفته ­اند.

محراب کلیسا در قسمت شرقی بنا دارای دو اتاقک چهارگوش در دو سمت آن و یک گنبد قوسی شکل کوچک است. مصالح به کار رفته در ساختمان عبارتند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده­ اند و نقاشی­ های دیواری بسیار کمی دارند، اما چلیپاسنگ ­هایی در دیوارهای داخلی و خارجی کلیسا نصب شده است.

برج ناقوس در قسمت شمال شرقی کلیسا و بر روی سقف آن قرار دارد. در امتداد دیوار شمالی بنا هم ستون­ هایی با مصالح آجر و خشت ساخته شده که با قوس­ هایی به یکدیگر و به دیوار کلیسا متصل هستند. در حیاط جنوبی کلیسا نیز نمازخانه کوچکی به نام مریم مقدس قرار دارد.